・層間角膜炎(DLK)の発生や、時間がフラップの作成や接着にかかる、などの欠点
が言われている。
・レーザー照射の手術台までフラップを作った後、移動しなければならない。
・長い期間に渡る安全性が検証されていない。
・コントラスト感度が落ちる。
・ハロ・グレアが少なくない確率で現れる。
・裸眼視力（コンタクトレンズや眼鏡を使わないときの視力）は間違いなくほと
んど向上するが、矯正視力（コンタクトレンズや眼鏡を使ったときの視力）は逆
に低下することがある。
・遠視に、角膜を削り過ぎるとなり、再びこれを戻すことは困難である。少しそ
の為控えめに手術するので、近視が軽く残って、視力を高く要求される自動車の
運転などの活動には眼鏡が引き続き必要になることがある。
・角膜中心部の曲率しか変わらないので、瞳孔が夜間に開くと手術前と変わらぬ
角膜周辺部の曲率を持つ部分を通った光線が網膜に到達するようになり、二重に
見えることがある。
・手術が、近視の進行する若いうちは受けられず、そして老眼になることに変わ
りはないので、眼鏡が生涯に渡って必要が無くなるわけではない。
・航空身体検査基準に適合出来なくなる(パイロットになれない)
